Tes PCR Baru Dapat Mengidentifikasi Semua Varian COVID-19 dalam Sampel Pasien Positif

Assay dapat dengan cepat dan mudah menginformasikan keputusan tentang kebijakan kesehatan masyarakat dan pengobatan untuk pasien individu dan dapat dengan cepat mendeteksi varian baru, seperti omicron, para peneliti melaporkan dalam The Journal of Molecular Diagnostics.

Gambar: disk.mediaindonesia.com

Setelah dimulainya pandemi SARS-C0V-2, peneliti dari ResearchPath LLC dan kolaborator mereka di Rutgers University dengan cepat mendedikasikan sumber daya untuk mengembangkan pengujian COVID-19 yang akurat dan andal . Ketika varian muncul, mereka mengembangkan tes PCR yang menggunakan beacon molekuler tidak hanya untuk mendiagnosis infeksi COVID-19, tetapi juga untuk mengidentifikasi varian spesifik yang menyebabkan infeksi tersebut. Penelitian mereka muncul di The Journal of Molecular Diagnostics , yang diterbitkan oleh Elsevier. Metodologi mereka tersedia secara terbuka sehingga dapat direplikasi oleh fasilitas mana pun yang dapat menjalankan tes PCR.

“Sungguh luar biasa melihat bahwa SARS-CoV-2 bukanlah infeksi monolitik dengan serangkaian fitur klinis yang dapat diprediksi, melainkan penyakit yang terus berkembang di mana strain yang berbeda menghasilkan fitur klinis unik yang memengaruhi pengujian, gejala, dan bahkan yang sistem organ dapat diserang,” jelas ketua peneliti Sanjay Tyagi, PhD, Lembaga Penelitian Kesehatan Masyarakat, Sekolah Kedokteran New Jersey, Universitas Rutgers, Newark, NJ, AS.

Identifikasi galur tertentu mengungkapkan informasi penting seperti lamanya masa inkubasi, lamanya masa menular, penularan, patogenisitas, dan bahkan perubahan gejala yang dominan.

Informasi tentang jenis strain umumnya dilaporkan oleh komunitas internasional atau beberapa negara dengan populasi besar yang melakukan sekuensing genetik. Urutan mendalam yang diperlukan untuk mengidentifikasi strain SARS-CoV-2 akurat dan dapat mengidentifikasi setiap mutasi yang ada dalam sampel, tetapi mahal, lambat, dan membutuhkan peralatan khusus. Namun pengetahuan tentang jenis strain memberikan informasi penting bagi profesional kesehatan masyarakat, pembuat kebijakan, dan individu.

“Mengetahui bahwa jenis yang sangat menular dan berbahaya muncul di komunitas lokal dapat menginformasikan pembuat kebijakan untuk memulai langkah-langkah keamanan untuk membatasi penyebaran,” kata rekan penyelidik Ashley Hill, MD, ResourcePath LLC, Sterling, VA, AS. “Ini juga dapat berfungsi sebagai sistem peringatan dini untuk sistem perawatan kesehatan yang perlu merencanakan lonjakan kunjungan UGD dan perawatan ICU. Mengetahui strain mana yang telah menginfeksi seseorang juga dapat membantu menentukan perawatan mana yang paling bermanfaat.”

Menggunakan probe PCR real-time yang dirancang oleh Rutgers University dan telah digunakan di seluruh dunia untuk berbagai tujuan, Rutgers merancang uji Rutgers-RP RT-PCR untuk mendeteksi mutasi pada SARS-CoV-2 yang telah terbukti meningkatkan pelepasan kekebalan, menghindari netralisasi , dan meningkatkan transmisibilitas. Mereka memelopori penggunaan suar molekuler untuk mengidentifikasi mutasi genetik tertentu. Suar molekuler adalah molekul berbentuk jepit rambut yang dapat dirancang untuk mengikat secara selektif ke sekuens mutan tertentu, menghindari sekuens tipe liar yang sering berbeda oleh satu nukleotida.

Sembilan mutasi dipilih untuk pengujian, dan suar untuk masing-masing memiliki pewarna yang berbeda warna. Setiap varian asli yang menjadi perhatian – alfa, beta, gamma, delta, dan omicron – memiliki kombinasi unik dari mutasi ini. dan ketika suar mengikat molekul targetnya, warnanya yang berbeda dapat dideteksi dengan pengujian.

Setiap suar diuji satu per satu untuk memastikan kekhususannya terhadap mutasi yang ditetapkan. Kemudian, suar digabungkan menjadi uji multipleks dan diuji dengan RT-PCR pada 26 sampel pasien positif SARS-CoV2 yang sebelumnya telah diuji dan diidentifikasi dengan pengurutan dalam. Dua sampel diidentifikasi sebagai varian alpha, dua sebagai varian epsilon, dan delapan sebagai varian delta. Uji multipleks sepenuhnya sesuai dengan hasil dari pengurutan yang dalam, dengan sensitivitas dan spesifisitas 100%.

Para peneliti melaporkan bahwa tes ini juga sangat mudah beradaptasi. Ketika omicron muncul, para peneliti dapat merancang suar dalam waktu kurang dari sebulan untuk mengidentifikasi mutasi yang unik pada omicron dan penting untuk penghindaran kekebalan. Para peneliti mengidentifikasi varian omicron pada 17 dari 33 sampel pasien tambahan yang telah diuji sebelumnya, dan hasilnya 100% sesuai.

“Alat yang kami kembangkan untuk melacak dan mengidentifikasi varian baru akan berguna untuk pandemi ini dan untuk virus atau patogen tak terduga yang mungkin muncul di masa mendatang,” kata penulis utama Ryan J. Dikdan, BS, Institut Penelitian Kesehatan Masyarakat, Sekolah Kedokteran New Jersey , Universitas Rutgers, Newark, NJ, AS.

“Virus SARS-CoV-2 belum selesai dengan kami. Kami sangat membutuhkan sistem pemantauan di seluruh dunia untuk strain yang muncul tak terhindarkan yang bisa lebih menular atau mematikan, ”kata para peneliti. “Uji varian Rutgers-RP RT-PCR dapat digunakan secara luas di laboratorium di seluruh dunia saat ini untuk memantau semua varian yang diketahui menjadi perhatian. Pengujian akan diperbarui dengan set primer/probe baru untuk setiap varian penting baru yang muncul.”